SPOILER della trama dalla 220 alla 260

Trascorsi due anni e mezzo, Naruto, più grande e più maturo, ritorna al Villaggio della Foglia dopo essere stato addestrato da Jiraiya. Qui rincontra i vecchi compagni Sakura e il maestro Kakashi; Temari e Shikamaru gli comunicano che Gaara è diventato il nuovo Kazekage. Intanto al Villaggio della Sabbia il Kazekage viene rapito dopo un duro scontro con due membri dell'Akatsuki: Deidara e Sasori, che insieme agli altri membri, procederanno all'estrazione dello Shukaku, che risiede in Gaara per poter, dopo aver raccolto i Cercoreri (Demoni con le Code) di tutti i Jinchuuriki, sviluppare una nuova, micidiale tecnica con la quale si possa distruggere un intero Paese [14]. Il Team Gai e il Team Kakashi vanno in soccorso del Villaggio della Sabbia, ed insieme all'anziana Chiyo, nonna di Sasori, arrivano di fronte all'entrata del nascondiglio dell'Organizzazione. Il Team Gai è costretto a combattere contro alcuni cloni, che impediscono loro di dare supporto agli altri. Questi ultimi si dividono: Sasori inizia uno scontro con Sakura e Chiyo mentre Deidara si fa inseguire da Kakashi e Naruto. Sasori verrà ucciso da Sakura e Chiyo, ma prima di morire questi rivela a Sakura di trovarsi 10 giorni più tardi al Ponte del Cielo e della Terra (天地橋, tenchikyō?) per incontrare una spia di Orochimaru. Deidara è costretto a ritirarsi a causa del nuovo Sharingan Ipnotico di Kakashi. Chiyo, grazie a una tecnica di reincarnazione, riesce a riportare Gaara in vita sacrificando la sua.


Ritornati al villaggio, Kakashi viene costretto a letto a causa dello sforzo compiuto per aver utilizzato lo Sharingan Ipnotico più volte, e quindi al Team 7 viene assegnato un nuovo capitano temporaneo di nome Yamato, un Jonin in grado di usare le tecniche del Primo Hokage e al posto di Sasuke, un giovane di nome Sai. Il Team parte alla volta del Ponte del Cielo e della Terra per catturare la spia, che si rivelerà essere Kabuto, in realtà ancora fedele ad Orochimaru. Quando Orochimaru appare, Naruto perde il controllo ed il chakra intorno a lui prende la forma di una Volpe a quattro code. Il ragazzo ritorna in sé dopo aver ferito Sakura, che viene curata da Kabuto; Naruto fa quindi sigillare il chakra della Volpe da Yamato, in modo da non doverlo più utilizzare e non perdere nuovamente il controllo. Orochimaru riesce a fuggire dal campo di battaglia assieme a Kabuto e Sai, fintosi suo alleato. La squadra riesce ad infiltrarsi nel rifugio del nemico. Entrati, scoprono che in realtà Sai fa parte di un team speciale, La Radice, che si occupa, in gran segreto, di assassinare i ninja traditori. Così si scopre che in realtà l'obiettivo di Sai è uccidere Sasuke. Dopo poco Sai, raggiunto dagli altri compagni, incontra Sasuke che rivela di essere disposto pure a sacrificare la sua anima pur di uccidere il fratello. Sai allora rivela di aver abbandonato il suo scopo principale nella missione e che il legame tra Naruto e Sasuke gli ricorda quello che lo legava a suo fratello, perciò decide di aiutare Naruto a ricostruirlo. Sasuke, per capriccio, tenta di uccidere il suo team ma viene fermato da Orochimaru che vede nella Foglia degli alleati per sconfiggere Alba. Il Team Yamato torna così al villaggio.


Naruto intraprende un nuovo allenamento per creare una nuova tecnica, durante il quale scopre la natura del suo chakra, di tipo vento. Kakashi aiuta Naruto nell'allenamento insieme a Yamato. Lo scopo dell'allenamento consiste nel riuscire ad infondere il chakra di tipo vento con il Rasengan

da qui partono altri filler