SPOILER della trama dalla 1 alla 60

ecco la trama per queste prime 60 puntate:
Naruto Uzumaki è un ragazzo dodicenne del Villaggio di Konoha, sede dei ninja del Paese del Fuoco, che insegue il sogno di diventare Hokage, cioè ninja più forte nonché capo del villaggio. Il giovane custodisce in sé un segreto di cui lui stesso è all' oscuro: il Quarto Hokage ha sigillato il demone della Volpe a nove code dentro il suo corpo (Naruto è suo figlio anche se lui ne è all' oscuro per molto tempo). Da quel momento in poi, nonostante il Quarto Hokage volesse che fosse considerato come salvatore del Villaggio, Naruto fu sempre associato da tutti gli abitanti del villaggio allo spirito demoniaco che viveva in lui e perciò crebbe isolato da tutti, senza riuscire a spiegarsi il motivo della sua emarginazione. Così, per poter attirare su di sé un po' di attenzione, iniziò a comportarsi da teppista, fingendosi sempre allegro e tentando di nascondere l'enorme sofferenza patita per la propria solitudine e per l'odio nutrito verso di lui dagli abitanti del villaggio. In questo frattempo Naruto venne bocciato per la terza volta all'esame dell'accademia per il diploma di Genin, a cui lui teneva molto, dopo questa delusione profonda il suo dolore interno aumentò ulteriormente. Questa situazione cambiò radicalmente quando il suo maestro Iruka Umino, l'unico ad aver compreso i veri sentimenti di Naruto, gli salva la vita dal maestro Mizuki, un traditore che aveva spinto il ragazzo a rubare un prezioso rotolo, il quale un tempo apparteneva al Primo Hokage, contenente le tecniche proibite del Villaggio. In questo frangente Naruto viene finalmente a scoprire il suo segreto. Questo, unito al desiderio di salvare il maestro Iruka, gli dà la spinta necessaria a sconfiggere Mizuki con la tecnica che era riuscito ad apprendere dal rotolo, la Tecnica Superiore della moltiplicazione del corpo. Grazie a questa dimostrazione di coraggio e di capacità, il ragazzo riesce anche a guadagnarsi la promozione a Genin (ninja novizio) dallo stesso Iruka, diventando ufficialmente un ninja. Naruto entra così a far parte del Team 7 insieme a Sakura Haruno e Sasuke Uchiha, sotto la guida del maestro Jonin Kakashi Hatake.

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Al Team 7, come tutte le altre squadre di Genin, vengono affidate missioni di livello D, cioè missioni semplici, ma dopo le lamentele di Naruto viene affidata una missione di livello C. La missione riguarda di proteggere Tazuna, un costruttore di ponti del Paese delle Onde, nel suo ritorno verso casa. Ma la missione diventa di livello B quando si scopre che Tazuna è preso di mira da Gatoo, un imprenditore senza scrupoli, che ha assoldato due ninja per ucciderlo, Zabuza Momochi, traditore del Villaggio della Nebbia, e Haku, il suo giovane compagno. Al primo incontro il Team 7 ha la meglio arrivando quasi a sconfiggere Zabuza che poi viene salvato da Haku facendo la sua prima apparizione e fingendo di ucciderlo. Quando Zabuza si riprende, torna a scontrarsi con il Team 7 che era sul ponte insieme a Tazuna. Nello scontro Kakashi se la vede con Zabuza mentre Naruto e Sasuke affrontano Haku. Durante la battaglia, Sasuke, sebbene abbia attivato per la prima volta lo Sharingan, viene quasi ucciso e per questo motivo Naruto perde il controllo dalla rabbia, liberando parte del chakra della Volpe a Nove Code. Prima che Naruto possa ucciderlo, Haku si sacrifica per salvare Zabuza da Kakashi. In quel momento Gatoo rivela di non aver intenzione di pagarlo per la missione e cerca di farlo uccidere dai suoi scagnozzi, tuttavia Zabuza, prima di morire, riesce a eliminare Gatoo. Di conseguenza Tazuna finisce di costruire il ponte chiamandolo "Ponte Naruto", dato i suoi indispensabili aiuti e convinto che questo nome un giorno lo renderà famoso . Il Team 7 seppellisce assieme i due ninja, e fa ritorno al Villaggio.

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Naruto e i suoi compagni, dopo la missione del Paese delle Onde, affrontano l'Esame di selezione dei Chunin, che si divide in tre prove guidate da degli esaminatori che sono jonin speciali del Villaggio della Foglia. La prima guidata da Ibiki Morino comprende un esame scritto il quale riescono a sorpassare i team di Kakashi, di Asuma, di Kurenai e di Gai, che possiede allievi eccezionali e particolari. Il secondo test riguarda una prova di sopravvivenza dove i partecipanti devono sopravvivere per cinque giorni nella Foresta della Morte e devono raccogliendo due rotoli. In questa prova compare un nuovo nemico di nome Orochimaru che, sotto le sembianze di una kunoichi del Villaggio dell'Erba, marchia Sasuke Uchiha con il Segno maledetto. Nella prima parte della seconda prova, anche se con molte difficoltà passano gli stessi Genin della foglia che avevano superato il primo test. Ma la seconda parte della prova consiste in scontri uno contro l'altro e a superarla sono: Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha, Shikamaru Nara, Neji Hyuga, Shino Aburame, Gaara, Kankuro, Temari e Dosu Kinuta. La terza fase dell'esame prevede un torneo con dei duelli frontali nel quale verrà identificato se i genin hanno le doti neccessarie per diventare Chunin. Nel mese di pausa Naruto incontra Jiraya, uno dei tre ninja leggendari di Konoha, che gli insegna a controllare l'immenso chakra della Volpe e la Tecnica del Richiamo|Tecnica del Richiamo. Nel frattempo il Villaggio della Sabbia complotta col Villaggio del Suono un attacco a sorpresa nel tentativo di distruggere Konoha: il piano viene attuato durante lo scontro tra Sasuke e Gaara.