SPOILER della trama dalla 61 alla 220

Pochi giorni dopo la fine del torneo si presenta un'ulteriore pericolo, costituito da due dei membri dell'Organizzazione Alba: Kisame Hoshigaki, uno dei Sette Spadaccini della Nebbia, e Itachi Uchiha, nonché fratello di Sasuke Uchiha, colpevole dello sterminio del suo clan e per questo odiato dal fratello. Questi due ninja sono due ninja traditori di rango S, cioè persino più potenti dei Jonin. Appena arrivati vengono intercettati da Asuma Sarutobi, Kurenai Yuhi e Kakashi Hatake e cominciano un combattimento di altissimo livello. Durante la battaglia, Itachi mostra a Kakashi il suo vero potere, ovvero lo Sharingan Ipnotico: questo è il livello più alto dello Sharingan e solo pochissime persone in tutta la storia del Clan Uchiha hanno raggiunto tale livello. Così Itachi blocca Kakashi nella Luna Insanguinata (Tsukyomi), una tecnica dello Sharingan Ipnotico. Dopo l' intervento di Gai, Itachi e Kisame fuggono per cercare il loro obiettivo: il demone racchiuso in Naruto, che nel frattempo sta partendo con Jiraiya per ritrovare Tsunade, unica persona papabile per il nuovo ruolo di Hokage. Itachi e Kisame rintracciano Naruto, ma vengono rallentati da Sasuke, il quale cerca di vendicarsi del fratello, da quale però riceve una pesante sconfitta. Mentre stanno per catturare Naruto, Kisame e Itachi vengono imprigionati da Jiraiya nella Tecnica della Prigionia della Bocca di Rospo. Solo grazie all'ausilio dell' Amaterasu, un'altra tecnica esclusiva dello Sharingan Ipnotico, i due riescono a fuggire
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Dopo l'incontro con i due membri dell'Organizzazione Alba, Naruto e Jiraiya riprendono la ricerca di Tsunade, nonché terzo membro dei Sannin di Konoha, per proporle di diventare Quinto Hokage. Nel frattempo l'Eremita dei Rospi insegna a Naruto la tecnica del Rasengan, che completerà in seguito. Tsunade è allo stesso tempo ricercata da Orochimaru e dal suo braccio destro Kabuto Yakushi i quali, dopo averla trovata, le propongono di curare le braccia di Orochimaru, in cambio quest'ultimo promette di riportare in vita suo fratello e l'uomo che ha tanto amato. Lo stesso giorno Jiraiya e Naruto trovano la donna, che subito ingaggia una breve sfida contro Naruto, il quale è deciso a farle rimangiare le considerazioni sprezzanti nei confronti della carica di Hokage. Qualche giorno dopo Tsunade, reincontratasi con Orochimaru, rifiuta la sua offerta e ingaggia un combattimento con il suo vecchio compagno di squadra; al combattimento si aggiungeranno sia Naruto, sia Jiraiya che Shizune: l'assistente e allieva di Tsunade. Orochimaru, intuendo che Naruto rappresenterebbe un serio pericolo se cadesse nelle mani dell'Organizzazione Alba, decide di ucciderlo ma Tsunade, capendo le intenzioni dell'avversario e superata l'emofobia che nelle prime fasi del duello l'aveva penalizzata, accetta il titolo di Quinto Hokage e cerca in ogni modo di proteggere Naruto, in quel momento privo di sensi dopo essersi scontrato con Kabuto. Nellla parte finale della battaglia Jiraiya evoca Gamabunta, Tsunade Katsuyu, Regina delle Lumache, e Orochimaru Manda, il Signore dei Serpenti. Orochimaru, non potendo usare le braccia, ha la peggio ed è costretto a battere in ritirata.

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Naruto e Sasuke, mentre sono ricoverati in ospedale, ingaggiano un combattimento per vedere chi sia il più forte e, proprio mentre si stanno scambiando il colpo finale, vengono interrotti da Kakashi. In seguito a questo scontro, Sasuke crede di non essere migliorato affatto, mentre Naruto ha fatto passi da gigante. Dopo qualche tempo si presenta a Konoha il Quartetto del suono, proponendo a Sasuke di andare con loro per ottenere il potere di Orochimaru, il quale però vuole solo utilizzare il ragazzo come contenitore per la sua anima, dato che quello attuale è stato danneggiato dalla Tecnica del Terzo Hokage. Sasuke si lascia convincere, animato dal desiderio sfrenato di potere per poter vendicarsi ed uccidere suo fratello Itachi. Prima di andarsene però viene fermato da Sakura, la quale con un gesto disperato tenta di fermarlo, ma non ci riesce. Tsunade, appena appresa la notizia ordina a Shikamaru Nara, da poco promosso chunin, di creare una squadra per la missione di salvataggio di Sasuke; lui sceglie i seguenti membri: Naruto, Choji Akimichi, Neji Hyuga e Kiba Inuzuka. Prima di partire, Naruto, dopo le imploranze di Sakura, le giura sulla sua stessa vita che avrebbe riportato indietro Sasuke costi quel che costi. Durante l'inseguimento ognuno dei componenti della missione si ferma per combattere contro un membro del Quartetto: Choji si occupa di Jirobo, Neji di Kidomaru, Kiba di Sakon e Ukon e Shikamaru di Tayuya. Naruto invece prosegue ma è costretto a combattere contro Kimimaro, nemico apparso in seguito. Rock Lee, appena ristabilito da una pericolosa operazione, giunge in supporto di Naruto permettendogli di andare all'inseguimento di Sasuke. Mentre i ninja di Konoha sono in grave difficoltà, giungono in loro supporto i ninja della Sabbia Gaara, Temari e Kankuro, che aiutano rispettivamente Rock Lee, Shikamaru e Kiba, sconfiggendo i loro nemici. Intanto Naruto si ritrova nella Valle della Fine a combattere contro il suo migliore amico. La battaglia viene combattuta da entrambi al massimo delle forze, Naruto evoca il chakra della volpe a nove code e Sasuke quello del segno maledetto al secondo livello, da poco ottenuto, e si conclude con la vittoria di Sasuke, che però non uccide Naruto perché vuole riuscire ad ottenere il potere a modo suo, non seguendo ciò che gli aveva detto Itachi. Naruto viene trovato e riportato a Konoha insieme a tutti gli altri. Durante la riabilitazione all'ospedale, Naruto rinnova la promessa fatta a Sakura di riportare Sasuke al villaggio. Jiraiya si offre di supervisionare l'allenamento del genin per due anni e mezzo, e dopo una lunga discussione Naruto accetta. La narrazione del manga si interrompe per lasciar spazio al Kakashi Gaiden, breve storia in 6 capitoli che narra di come Kakashi abbia ottenuto il suo Sharingan. Nell'anime invece trovano spazio 84 episodi filler in cui sono narrate storie che non hanno alcun collegamento con la trama principale e che servono solo ad allungare la serie.

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